La segunda fase del proceso de elaboración del proyecto de declaración se inició mediante la Resolución 1919 de la Asamblea General, de 10 de junio de 2003, que instó al Grupo de Trabajo a comenzar reuniones de negociación con la participación de los Estados miembros y la sociedad civil para lograr un consenso sobre el proyecto de declaración. Estas negociaciones se basaron en un nuevo texto revisado —el Texto Consolidado de la Presidencia del Grupo de Trabajo— y en propuestas presentadas, entre otros, por delegaciones de los Estados miembros y representantes de pueblos indígenas.
En el marco de estas reuniones, tanto los Estados miembros como los representantes indígenas pudieron presentar propuestas relacionadas con los artículos que componen el Texto Consolidado de la Presidencia para su consideración por el Grupo de Trabajo. Estos debates se llevaron a cabo sin restricción alguna en cuanto al alcance de las intervenciones, lo que brindó un espacio para que cada parte expresara su perspectiva y facilitara un diálogo en torno a cuestiones fundamentales. Algunas de las más importantes se relacionan con la libre determinación y sus derechos sobre la tierra, el territorio y los recursos . Durante este proceso, la Presidencia se encargó de dar seguimiento a todas las propuestas que el Grupo de Trabajo estaba considerando. La redacción alternativa de estas propuestas se reflejó posteriormente en los documentos posteriores a la sesión de negociación, emitidos por la Presidencia. Los términos o frases que no lograron consenso se incluyeron en dichos informes entre corchetes, para su consideración en futuras sesiones del Grupo de Trabajo.
A lo largo de todas estas negociaciones, el Centro ha defendido sistemáticamente los derechos indígenas mediante un sólido razonamiento jurídico y una postura ética coherente. El Centro también desempeñó un papel fundamental al ayudar a otras organizaciones y naciones indígenas, como las Seis Naciones y la Nación Navajo, a defender sus derechos y a promover el consenso. En este proceso, hemos presentado numerosas propuestas de redacción alternativa a lo largo de los años.
En total, el Grupo de Trabajo ha celebrado once reuniones de negociación sobre la base del Texto Consolidado de la Presidencia, de conformidad con la metodología descrita anteriormente. Estos avances culminaron en la etapa final del proceso: las Revisiones Finales .