La segunda fase del proceso del proyecto de declaración se inició mediante la Resolución 1919 de la Asamblea General, del 10 de junio de 2003, que instó al Grupo de Trabajo a iniciar reuniones de negociación con la participación de los Estados miembros y la sociedad civil para alcanzar un consenso sobre el proyecto de declaración. Estas negociaciones se basaron en un nuevo texto revisado —el Texto Consolidado de la Presidencia del Grupo de Trabajo— y en las propuestas presentadas por las delegaciones de los Estados miembros y representantes indígenas, entre otros.
En el marco de estas reuniones, tanto los Estados miembros como los representantes indígenas pudieron presentar propuestas relacionadas con los artículos que conforman el Texto Consolidado del Presidente para la consideración del Grupo de Trabajo. Estos debates se llevaron a cabo sin ninguna restricción en el alcance de las intervenciones y, por lo tanto, proporcionaron un espacio para que cada parte articulara su perspectiva y facilitara un diálogo en torno a cuestiones fundamentales. Algunas de las cuestiones más importantes están relacionadas con la libre determinación y los derechos a la tierra, el territorio y los recursos . Durante este proceso, el Presidente fue responsable de realizar un seguimiento de todas las propuestas que estaban siendo consideradas activamente por el Grupo de Trabajo. El lenguaje alternativo de estas propuestas se reflejó luego en los documentos de la sesión posterior a la negociación emitidos por el Presidente. Aquellos términos o frases que no pudieron acordarse por consenso se mostraron en estos informes como texto entre corchetes, para ser considerados durante futuras sesiones del Grupo de Trabajo.
A lo largo de todas estas negociaciones, el Centro ha defendido constantemente los derechos indígenas mediante un sólido razonamiento jurídico y posturas éticas coherentes. El Centro también desempeñó un papel fundamental al ayudar a otras organizaciones y naciones indígenas, como las Seis Naciones y la Nación Navajo, a defender sus derechos y a buscar consenso. En este proceso, hemos presentado numerosas propuestas de redacción alternativa para el borrador a lo largo de los años.
En total, el Grupo de Trabajo ha llevado a cabo once reuniones de negociación sobre la base del Texto Consolidado del Presidente, de conformidad con la metodología descrita anteriormente. Estos avances culminaron en la etapa final del proceso: las Revisiones Finales .