La segunda fase del proceso de elaboración de la declaración fue iniciada por la Resolución 1919 de la Asamblea General, del 10 de junio de 2003, que instó al Grupo de Trabajo a iniciar reuniones de negociación con la participación de los Estados miembros y la sociedad civil para alcanzar un consenso sobre la declaración. Estas negociaciones se basaron en un nuevo texto revisado —el Texto Consolidado de la Presidencia del Grupo de Trabajo— y en propuestas presentadas por delegaciones de los Estados miembros y representantes indígenas, entre otros.
En el marco de estas reuniones, tanto los Estados miembros como los representantes indígenas pudieron presentar propuestas relacionadas con los artículos que componen el Texto Consolidado de la Presidencia para su consideración por el Grupo de Trabajo. Estos debates se llevaron a cabo sin ninguna restricción en cuanto al alcance de las intervenciones, lo que brindó un espacio para que cada parte expresara su perspectiva y facilitara un diálogo sobre cuestiones fundamentales. Algunas de las cuestiones más importantes se refieren a la autodeterminacióny a los derechos sobre la tierra, el territorio y los recursos. Durante este proceso, la Presidencia fue responsable de dar seguimiento a todas las propuestas que el Grupo de Trabajo estaba considerando activamente. La redacción alternativa de estas propuestas se reflejó posteriormente en los documentos de la sesión posterior a la negociación emitidos por la Presidencia. Aquellos términos o frases que no pudieron ser acordados por consenso se mostraron en estos informes entre corchetes, para ser considerados en futuras sesiones del Grupo de Trabajo.
A lo largo de todas estas negociaciones, el Centro ha defendido constantemente los derechos indígenas mediante un sólido razonamiento jurídico y posturas éticas coherentes. El Centro también desempeñó un papel fundamental al ayudar a otras organizaciones y naciones indígenas, como las Seis Naciones y la Nación Navajo, a defender sus derechos y a buscar consenso. En este proceso, hemos presentado numerosas propuestas de redacción alternativa para el borrador a lo largo de los años.
En total, el Grupo de Trabajo ha celebrado once reuniones de negociación sobre la base del Texto Consolidado de la Presidencia, de conformidad con la metodología descrita anteriormente. Estos avances culminaron en la fase final del proceso: las Revisiones Finales.