Desarrollos preliminares a partir del texto aprobado por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos
La primera fase de la elaboración del borrador de la declaración se caracterizó por una fuerte resistencia a la participación de la sociedad civil. Salvo algunas excepciones, los Estados miembros de la OEA mantuvieron una firme resistencia a la participación de los pueblos indígenas y las ONG, limitando dicha participación a las delegaciones de los Estados miembros y a los expertos en la materia. Cuando la Asamblea General de la OEA emitió la directiva (Resolución 1022) para elaborar un instrumento sobre derechos indígenas en 1989, los representantes y organizaciones indígenas solicitaron participar en el proceso, pero pasarían años antes de que se les permitiera participar junto con los Estados miembros. Para 1997, la Comisión Interamericana había elaborado el primer texto de la declaración, que se presentó al Consejo Permanente para su consideración. Al examinar el texto, la Asamblea General instruyó al Consejo Permanente a tomar en cuenta las aportaciones de los organismos de la OEA y de los Estados miembros (1479 y 1549, respectivamente). Además, los pueblos indígenas sugirieron que el Consejo Permanente realizara consultas con grupos indígenas mediante reuniones regionales en América del Norte, América Central y América del Sur. Si bien algunos expertos involucrados en el proceso consultaron con los pueblos indígenas por voluntad propia, la recomendación de realizar consultas regionales nunca se siguió ni se habilitó ningún espacio formalizado para la participación indígena durante esos primeros años.
En 1999, se creó el Grupo de Trabajo con la tarea de considerar la participación adecuada de los pueblos indígenas (Resolución 1610). Antes de la primera reunión del Grupo de Trabajo, el Consejo Permanente se reunió para debatir su metodología y mandato, pero nuevamente se excluyó la participación indígena. Solo gracias a la polémica decisión de Antigua y Barbados de ofrecer varios de sus escaños a representantes indígenas, estos pudieron expresar algunas de sus perspectivas sobre el proyecto de declaración. Sin embargo, de los cientos de representantes indígenas que acudieron a participar en la reunión, los escaños ofrecidos por Antigua y Barbados solo permitieron que tres representantes hablaran. Armstrong Wiggins, de la oficina de Washington del Centro de Recursos de Derecho Indígena, fue uno de los elegidos por los representantes indígenas para hablar en su nombre.
Aun así, la mayoría de los estados —con las notables excepciones de Estados Unidos, Canadá y Antigua y Barbados— seguían oponiéndose a la participación indígena en las discusiones sustantivas de los grupos de trabajo. Como resultado, representantes indígenas, incluyendo los del Centro de Derecho Indio, protestaron ostentosamente contra las prácticas antidemocráticas de la OEA organizando una huelga masiva en la primera reunión del Grupo de Trabajo. A medida que aumentaba la presión, los Estados miembros de la OEA que anteriormente se habían opuesto a la participación indígena finalmente se dieron cuenta de que la OEA ya no podía mantener su política de puertas cerradas hacia la participación ciudadana.
En respuesta a estas presiones, la segunda mitad de la primera etapa del proceso de elaboración de la declaración se caracterizó por un notable aumento de la participación indígena. En junio de 2000, la Asamblea General solicitó al Secretario General que facilitara la difusión de los documentos del Grupo de Trabajo y que considerara medidas para promover una participación más representativa de las organizaciones y comunidades indígenas (Resolución 1708). Para diciembre de 2000, los pueblos indígenas participaban activamente en las reuniones del Grupo de Trabajo, aunque no exactamente en igualdad de condiciones con los Estados. Con el fin de facilitar esta participación, la Asamblea General adoptó nuevas medidas durante 2001-2002, como la creación de un Fondo Voluntario de contribuciones para sufragar los gastos relacionados con la participación indígena, la solicitud a los organismos de la OEA de que prestaran asesoría jurídica a los representantes indígenas (Resolución 1780) y el fomento de que los gobiernos miembros establecieran mecanismos para consultas nacionales con representantes indígenas (Resolución 1851).
Finalmente, el 10 de junio de 2003, la Asamblea General de la OEA encomendó al Grupo de Trabajo que iniciara las reuniones de negociación para la búsqueda de consenso sobre la base del texto de la Presidencia del Grupo de Trabajo. Estas negociaciones se basaron en propuestas presentadas tanto por los pueblos indígenas como por los Estados miembros, así como por otrosResolución 1919). Así, los esfuerzos para garantizar el derecho de los pueblos indígenas a participar plena y efectivamente hicieron que el proceso de debate de la OEA fuera mucho más accesible a la sociedad civil. Estas negociaciones multilaterales marcaron el inicio de la segunda etapa del proceso: Reuniones de negociación en la búsqueda de puntos de consenso.